В Кыргызстане известно около 200 пещер. Некоторые из них являются геологическими памятниками природы и охраняются государством. В первую очередь это пещера Чиль-Устун, известная как уникальный подземный ландшафт, а также как место обитания редких видов рукокрылых. В пещеры найдены галереи древних наскальных рисунков со II по XI вв. Другая интересна пещера — Победная (Ошские горки) – сложная и длинная пещеры гидро-термокарстового происхождения. Киргизскими спелеологами не оставлена идея пройти по ледовым пустотам ледника Энылчек, через которые исчезает озеро Мерцбахера расположенное в Центральном Тянь-Шане. Периодически немногочисленными энтузиастами – спелеологами продолжаются экспедиции в различные районы Кыргызстана, в частности в перспективный карстовый район близ озера Кель-Су (хребет Кокшаал-Тау) близ киргизско-китайской границы.
Наиболее длинная и запутанная пещера Кани-Гут — древний пещерный рудник, расположенный в юго-западном Тянь-Шане. Длина пещеры более 6000 м.
В Кыргызстане, карстовые известняки занимают более 30 % от всей площади страны. Поэтому, в Кыргызстане большой потенциал для поиска и открытия новых пещер. К сожалению в Кыргызстане как и в других странах Центральной Азии мало спелеологов.
Некоторые карстовые области расположены на абсолютной высоте более 3000 м. На высокогорных плато расположены перспективные карстовые воронки.